実験生物学者のためのリテラシーとしての遺伝子発現解析 

あなたの研究はマイクロアレイによる遺伝子発現解析と無関係だろうか．網羅的な遺伝子発現プロファイルを得る方法としてマイクロアレイ解析はごく一般的になった．アレイの値段も安価になり，プロトコールが簡素化により安定した結果を得られる確実な技術として広く普及した．しかし，実験に必要なアレイスキャナーなどの機器が高額であるため，まだ身近に感じていない人も多いのではないだろうか．

さて，多くの研究者は自分の研究しているテーマについて論文が出ていないか，毎週NatureやScienceのTable of Contentsが気になる日々を過しているだろう．あるとき自分の研究に深く関連するマイクロアレイ解析論文が出たとする．そのデータを使えばより答えに早く近付けそうだ，そういう状況は日常的にありえる(事実，私もそういう方に相談を受けたことがある)．また，現在では，遺伝子発現データベースNCBI GEOには，のべ149,911サンプルものエントリが登録されている．これらの情報を配列情報のように自在に使うことができれば，研究を加速したり，新しい視点から実験デザインしたりできるかもしれない．

ゲノム配列の解析をするようなバイオインフォマティクスリテラシーはとても一般的になってきた．今後は，トランスクリプトーム，つまり遺伝子発現解析のリテラシーを持つかどうかによって，研究のスタイルが大きく異なるだろう．

そうはいっても，遺伝子発現解析は，統計的な知識が必要になったり，データの見方が多様で難しかったりするために，敷居が高いと感じる研究者が多いのでないだろうか．また高価な解析ソフトがなければ解析ができないと考えてはいないだろうか．ゲノム配列解析のツールがそうだったように，遺伝子発現解析の分野でもオープンソースの解析ツールが存在する．本セミナーでは，統計解析環境RとBioconductorを利用し，遺伝子発現データベースから発現データ取得から解析までを行う方法を実践的に述べる．


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このワークショップは講演だけでなく、受講生が実際に手を動かしながら進めていく3時間半の「実践系」ワークショップです。
「話を聞くだけだと研究室に帰ってから自分一人でできるかどうかわからない…。」　そんな不安を解消するために、
「１．無料で誰にでも入手可能なフリーウェアを使用して」、
「２．１人１台のPCを使って実際に手を動かして」、
研究室に帰ったらすぐに自分の研究に取り入れられるように考えられています。
実習にはPCを使用しますが、会場の都合上、30台までしかご用意できません。
よってこのワークショップは先着30名までとさせていただきますのでご了承ください。
なお、使用するPCおよびソフトウェアはこちらで用意させていただきますので、手ぶらでお越しください。
また、実習に使用したソフトウェアの入ったCD-ROMはご自由にお持ち帰りください。
このCD-ROMを使用することによって実習で行った内容をそのまま研究室で再現することが可能です。
注)ネットワークの都合上，申し訳ありませんがPCの持ち込みはご遠慮いただきます。

※二階堂先生のblogで本WS参加者へのお勧めの本が掲載されています。
http://itoshi.tv/d/?date=20070729